コーヒーノキ属の植物のうち、アラビカ種 (Coffea arabica) とロブスタ種 （カネフォーラ種、 C. canephora ） が産業的に栽培されている。世界で栽培されているコーヒーの75-80%はアラビカ種、約20%がロブスタ種である。以前はこの二種にリベリカ種 (C. liberica) を足してコーヒーの3原種と呼んでいたが、リベリカ種は病害に弱く品質面でも劣るため、全生産量の1%未満にすぎない。
栽培地ごとに移入された年代や経路が異なることと、栽培の過程で変異種の発見と品種改良が行われたことにより、栽培のための品種（栽培品種）が200種類以上存在している。品種改良は特にアラビカ種で進んでおり、ブラジルとコロンビアでさかんに行われている。
従来はティピカとブルボンがアラビカ種の2大品種と呼ばれ、それぞれコロンビアとブラジルで主力品種であった。しかし、品種改良によって、収量が多く病虫害に強い品種に置き換えられてきた。その結果、コロンビアではカトゥーラとバリエダ・コロンビアが、ブラジルではカトゥーラ、カトゥアイ、ムンド・ノーボが主力品種になっている。
一方、風味の点で言えばこれらの新しい品種よりも以前のティピカやブルボンの方が優れていたと主張する人も多い。このため、これらの生産量は少ない古い品種を高価値のコーヒーとして取引する動きが出てきている。この動きは、生産地の貧困問題を解決するためのフェアトレード運動とも連動している。
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